唐突ですが、論文管理はどのようにされてますか?
私はとりあえずフォルダに突っ込んでいるだけでぐちゃぐちゃです。
そこで思い切って論文管理ソフトを導入してみようかなと思ってます。
いくつか試してみたのですが、JabRefが結構良さそうです。 http://ur.edu-connect.net/archives/2267 (このブログ時よりVUPして日本語にも完全に対応してます。)
管理方法としては論文をダウンロードするときに一緒にbibtexをダウンロードして、 その情報からデータ管理を行うものです。
試してみてうまくいきそうなら報告します。