UNIX文化があれば、とりあえずmake叩いとけばいいでしょ、というのはありますね。 Windowsだとバッチかnmakeか。
河床変動含みだと確かに界面を追跡したほうがよさそうですね。 セル内における変数のバランスが取れていれば良いのかなとも思います。 混合粒径は想像したくないですが。。。 界面捕獲だとガタガタするんですかね。
Windowsだと、以下の3つを試してみました。
結局Emacsになってしまうのですが、Sublime Textは使いやすいと思いますよ。 多少設定等が必要ですが、下記のURLとおりにすれば、できると思います。 たまに、「Purchase」のダイアログがでますが、買わなくても大丈夫です。
http://webmem.hatenablog.com/entry/sublime-text-markdown
Markdownファイルを作成時には、色づけしてくれますし、 ショートカットキーでHTMLへの出力・ブラウザによる表示までできます。 ファイルを修正中にHTMLに反映されます。
SublimeText自体は、emacsやvimのようなキー操作ではないので、 使いやすいと思います。利用者も多いみたいです。 あと、WindowsもMacもLinuxでも使えます。これも利点だと思います。
個人的にはEmacsかVimを押しますが、敷居が低いのはSublimeTextかと。
なおMIFES10は来年2月くらいに発売のようです。