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趣味で計算流砂水理

Computational Sediment Hydraulics for Fun

RE2:pygridgen-c

R

windows環境でインストールを試みましたが、どうも駄目です。というか、私がmsysを使いこなせてないです。 msys環境下で順番にconfigure - make installを行っていますが、 nearest neighbors、CSAをインストール後、gridutilsのconfigure時にそれらにリンク…

gridgen-c

R

久しぶりにgridgen-cを使ってみました. 同じものですが,githubに上がってました. その中にpythonのフロントエンドとしてpygridgenというものが追加されておりました. さらにその中で中段くらいに記載されているadd_focusという機能が追加されています.…

CQ2DF model + vegetation

R

面白いアイデアですね。 問題があるとしたら、渦動粘性係数の空間分布でしょうか。乱流モデルの影響がどこまで効くかですね。 時間をみてやってみます。 たまたまですが、先日ある方と清水先生の以下の論文を話していました。 https://www.jstage.jst.go.jp/…

デカルト座標系での平面二次元計算

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昨日もお見せしてみましたが、とりあえずチャレンジしてみました。 計算条件 上流端境界に合わせて格子を設定しています。 下流端はあえて、横断方向と直交しないように設定しています。 一部堤防を切っています。これもあえてです。 初期条件は上手に設定で…

久しぶりになりますが。。。

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年度末だったり、河川シンポだったりで疲れました。 いろいろな計算をやってるのですが、まとまっていないので文章だけ書きます。 変分法 お見せしているとおり結構良い結果がでたので、今後の展開を考えようかなと思ってます。 今のところは、支川を含む長…

2D Upwind Flux Scheme:Dry-Bed Dam-Break

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※前々回の記事がまとまっていなかったので削除しました。 2D Upwind Flux Scheme:Dry-Bed Dam-Break ほぼ完成しました。一応ちょっとごまかしましたが、乱流項も入れました。 乱流項ありなしのgifを貼っておきます。 粗度・乱流なし 粗度・乱流あり ソースコ…

Cross section Quasi 2D Flow Model

R

githubに公開しました。 https://github.com/computational-sediment-hyd/CQ2DF windows+proxy環境下でのSourceTreeによるgithubへのアップロード やり方がわかれば一瞬ですが、結構大変でした。 忘れないためにもメモ的に置いておきます。 proxyの設定 prox…

Cross-sectionQuasi2DFlow

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ギッハブ用のモデルとかを整理しました。DBにあるので見て頂けると助かります。windows環境があれば回してもらえるともっと助かります。 READMEとか結構頑張りました。 問題がなければ上げます。 英語にしたときに違和感があり、名前をCross-sectionQuasi2DF…

Section Quasi 2D Model:dll版が良いのか?

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ライセンスはMITで行こうと思います。 リリース版として悩んでいるのが、現状のdll版がそうじゃないものかです。 計算の流れは、格子生成(python)⇒流速場の計算(fortran dll)⇒図化(python)ですが、個別の実行ファイルを作成し、テキストファイル経由でやり取…

EXCELのVBAが。。。

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ふと気付いたのですが、Excel 2016に変更してからExcel 2007で作っていたマクロの中でユーザーフォームを使ってグラフをコントロールするものがすべて動かないです。 多分描画速度の低下(データ更新時処理のアルゴリズムが変わった?)の影響かと思いますが…

ライセンスの話

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例のSection Quasi 2Dモデルについて、Githubで公開しようかなと考えているのですが、そろそろライセンスのことも気にしたほうが良いかもしれないと思ってます。 どうしましょうか。MITかGPLかと思いますが、GPLにするほど大したものじゃないですが悩ましい…

流砂の話とか

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fortranとpythonですが、calSectionProfileとinitializeを呼んでます。いろいろ試していると、fortranの共有部分でallocateしたものが、ずっと残ってしまうので、計算が終わるごとにdeallocateしたほうが良さそうです。また、まとめて報告します。 XeonとGPU…

基礎水理シンポジウムとか

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昨日所用で北海道に行ってました。寒すぎて生きている心地がしなかったです。 基礎水理シンポジウム 先日行われた基礎水理シンポジウムで気になった内容をまとめておこうと思っていましたが、すっかり忘れておりました。 テーマは、浮遊砂・ウォッシュロード…

Section Quasi2D model in natural river

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できました。 とりあえず、結果だけ。いい感じです。 ptyhon+fortranです。ちょっと力作なのでコードを見てほしいです。 DBに置いておきます。

python+fortran:2003+OOP

R

本業が忙しくて全然だめです。 python+fortran:2003+OOP 以前書いた話の続きですが、pythonからfortranのdllを使うときもやっぱりOOPで書きたいので、チャレンジしてみました。 結果から言うと、main文に共有moduleを設け、その中で共有のclassを設定するこ…

不等流計算と不定流計算

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結構忙しくて全然書けておりません。すいません。 不等流計算と不定流計算について メールでも送った話ですが結構面白かったので、書いておきます。 不等流計算と不定流計算の定常解の計算値に結構差がでるなと気付き、色々考えてみました。 計算結果がフィ…

ニ次元で一次元的なダムブレーク

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これはいけました.ドライベットです. 流速0かつ凸または凹の処理は,中央差分の限界かもしれないですね. 何とか一工夫して使えるようにしたいです. なお,gifはここにあげるために強烈に画質を落としてます.

水面勾配項の離散化について

R

前回の記事で,二次元水面に山のような地形が残る要因がわかりました. 凸地形のdH/dxの処理です.流速が0の場合,中央差分としておりますが,H(i-1)=H(i+1)=0.0,H(i)=1.0の場合,dH/dxは0となってしまいます.このような場合,どういう処理が一般的がご存知…

2次元ダムブレーク

R

2次元ダムブレーク 私も書いてみました. up-wind flux schemeです. jupyterです.計算時間は20秒で15分くらいです.gif作成のために200コマ書き出しているので,それが計算が遅くなる原因です. 1Dは,jupyterでgifを表示していましたが,上手くいかないの…

Jupyter Hydraulics

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ついにGithubを立ち上げました いまいち使い方をわかっておりません. 最近はJupyterばかりなので,「Jupyter Hydraulics」と題して,ソースをGistにあげようかと思ってます.アカウント情報はDBに置いておきます.やり過ぎていたら止めて下さい. とりあえ…

ドライベットダムブレームからの反射境界

R

完全に遊びです. ドライベットと言っても10^-4mの水深を与えてます. 飛びそうで飛ばない不思議な計算です.さすが,up wind flux schemeです. 予定では明日このブログ用のgithubを立ち上げます.

基礎研究の話とか

R

大隈先生がノーベル賞を受賞したニュースで,基礎研究が重要だという話がでており,あのような分野でも時代的に基礎研究って難しいことを初めて知りました. 基礎研究の重要性は,水工学の分野ですが,私達がいつも話している話ですよね.これを期に,もう少…

pythonで気付いたこと

R

なんとか論文もまとまり,かなり脱力状態です. 査読が通れば,アジョイント法の話も書こうと思ってます. 今回の論文ではすべてグラフはmatplotlibで書きました. pythonを使ってる中で,気付いたことをまとめておきます. 会社のプロキシ抜け うちの会社の…

インテル® Distribution for Python

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という名前のようですね. インテル® Distribution for Python* の紹介 | iSUS ただ,私達が趣味で一般的に使う環境だと全然速くなっていないようです. 下図の一番左がscipyの速度比較ですが,シングルコアだとubuntuのpythonと同速度です. ゴリゴリのマト…

アジョイント法

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アジョイント法 完璧にできました. とりあえず,論文用の計算は6割くらい終わった感じです. 論文用の絵を載せておきます. 気になる話 ある講演会での樫山先生の発表で以下のようなものがありました. バーチャルリアリティ技術を用いた騒音シミュレーショ…

無制約最適化問題

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ぜんぜん書けなくてすいません。完全に執筆モードです。 無制約最適化問題 ここのところ、夢中になっているアジョイント法ですが、ポイントの一つに降下法の解法があります。 基本は、共役勾配法(正確には、非線形共役勾配法)を使ってますが、ステップ幅の…

勉強会のテーマについて

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ちょっと本業がバタバタしており、あまり準備ができそうにないのですが、私からは以下のような準備をしています。 平面二次元の話 Upwind Flux Schemesの境界条件を教えて下さい。 Upwind Flux Schemesの離散化について parabolic bowlの話 久しぶりに断面準…

ちょっとだけ面白い話

R

全然プログラミングができず、書き込むことがないです。頑張ります。 pythonのリスト内包表記、lambda式と組み合わせると強烈ですよね。慣れると結構可読性もいいが気がします。 つまらない話をいくつか書いておきます。 ちょっとだけ面白い話 ちょっとした…

Parabolic Bowl

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更新空いてしまいました。 Parabolic Bowl 先週末から平面二次元の計算を始めました。 手始めにparabolic bowlの図化をpythonで書いてみました。 気が向いたら回してみてください。DBに置いておきます。 さすがに遅すぎるので実計算には使えそうにないです。…

linux環境を構築したい

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linux環境を構築したいわけ ずっとlinux環境が良いと考えておりましたが、以下の理由によりそろそろやろうかと OSに依存しないコードの作成 このブログで書いているコードをある程度できたものはgithubで管理しようかなと思ってます。でも、例えば、先日のpy…

平面二次元モデルについて

R

平面二次元って正式に略語は何なんでしょうか?よく2DH(多分、2 dimensional horizontal)とか2D-SWE(shallow water eq.)とか見ますが、何が適切なのかよく分かりません。 Upwind flux scheme Upwind flux schemeを推すのは意外でした。もっと凄いのを勧…

スクレイピングとか

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スクレイピング 初めて知りました。勉強になります。 pythonだとbeutifulsoupというライブラリが有名なようです。 PythonとBeautiful Soupでスクレイピング - Qiita いろいろ調べているとgoogleは、googleが提供するインターフェイス以外でのスクレイピング…

パイプライン?

R

以下の記事を読んでいて、「5 間違いその4」に記載されている内容が気になりました。 開発者がビッグデータ分析にPythonを使う時によくやる間違い | プログラミング | POSTD 「複雑なデータ分析パイプラインを扱うためのフレームワーク」としてluigiが紹介さ…

計算スキームの話とか

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昨日相談したかったのですが、時間がなかったですね。 スキームの話 研究の関係で、久しぶりに平面二次元を書くことになりそうなのですがどのスキームがおすすめでしょうか? ざっくりとした条件としては以下です。 現象としては、網状流路の形成のような計…

勉強会の予定とか

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いつもどおりやりましょう。 intel compilerとVSでの配布はよく行ってますが、素人のプログラムなのであまり参考にならないかと。 私が準備しようと思っているのは、 python-fortranの混合プログラムの話 変分法の話 くらいです。 最近VBAでそれなりにOOPで…

河川シンポとか

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河川シンポジウム スケジュールが公開されていました。 2016年度河川技術に関するシンポジウム | 土木学会 水工学委員会 河川部会 もうこんな時期ですね。今年はなぜか全く興味がわきません。論文集が紙からCDになるようです。軽くてうれしいです。来ますか…

VOFのベンチマーク

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VOF 久しぶりにVOFをやろうかと思ってます。 そこでベンチマークですが、越塚先生の水柱の決壊のものは有名ですが、その他ってご存じですか? そもそも物理モデルじゃないので実験とかになるのでしょうか。 変分法 ようやくですがとりあえず双子実験からスタ…

のんびりやりましょう

R

体調が回復して良かったです。 Podcast聞いておきます。 今日は午後から学校の研究計画の打合せで気が重いです。 やりたいこと・やらなければいけないことはいろいろありますが、お互いのんびりやりましょう。

HLLCの論文

R

久しぶりに論文の情報です。 A robust 2D shallow water model for solving flow over complex topography using homogenous flux method HLLCの論文ですが、ひたすら解析解や実験と検証をしているところが面白いです。というかスキームの検証に使えるなと思…

この本はいかがでしょうか。

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やることは山程あるのですが、少し休んだほうが良いとアドバイスを受けたので、久しぶりにのんびり実家に帰省してました。何年かぶりにPCも参考書も論文も持たずに4日間も生活したので、1日ってこんなに長いんだと感じてました。おかげでモチベーションは全…

情報共有2

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Alpha GO 以前話しましたが、githubを見つけました。 【ディープラーニング】AlphaGoの勉強でもするか - あれもPython,これもPython コードはpythonっぽいですね。 bash on Ubuntu on windows Windows 10 The Latest:Windows 10でUbuntuのシェル「Bash」が…

pythonのfortranによる高速化

R

※ifortで通ったので修正しました。 I/Oはpythonで書くけど、科学技術計算の部分はfortranに任して高速化してしまおうという話です。以下のページをほぼそのまま使用しました。 PythonからFortranのサブルーチンを呼ぶ。 - いぐにさんにっき windows 環境で f…

情報共有

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先日はお疲れ様でした。体調悪そうでしたが無理せず、でも頑張ってください。話に出た内容を整理しておきます。 GitHub - damianavila/RISE: RISE: "Live" Reveal.js Jupyter/IPython Slideshow Extension 昨日社内プレゼンで使いました。数式も打てるし、図…

勉強会の話

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変分法の話 4D-VARなので4章ですがまずは2章ですかね。ちょっと頑張ります。あと某氏がメモを作ってれたのでメールで送ります。 Quasi 2D Section モデル とりあえず、昨日一気に書き上げました。とりあえず結果のみ載せておきます。 図化の際にnumpyのmask…

新テーマ:変分法

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やらないと駄目になってしまいました。一緒にやりませんか。 この本を買いました。 データ同化―観測・実験とモデルを融合するイノベーション作者: 淡路敏之,池田元美,石川洋一,蒲地政文出版社/メーカー: 京都大学学術出版会発売日: 2009/08/20メディア: 単行…

Section Quasi 2Dモデル:とりあえず自分の中で一旦完了かな。

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仕事がちょっと目処がついてきたので、気分転換に計算をしてみました。例のSection Quasi 2Dモデルです。時々はやっていのですが、とりあえずまとめてみました。 LESの適用は断念しました。 断念というよりは、以下の点より不可能なことに気付きました。 本…

re2:GUIの話とか

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珍しく会社に鍵を忘れてしまい、こんな時に限って妻が飲み会で家に入れずファミレスで書いてます。 GUIの話 d3.jsもmatoplotlibも当然excelもライブラリの集まりなので、気軽に使えるようになるにはそれらを覚える必要があり、学習コストは大きいですね。 VB…

GUIの話

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グラフ関係のGUIですが、VBA for EXCELが不評だったので何か無いかなと思い考えましたが、いっその事、D3.jsで作るのはどうでしょうか? D3.js - Data-Driven Documents やっぱりハードルが高いでしょうか。。。

VBA for EXCELの高速化とか

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先日はお疲れ様でした。 VBA for EXCELの高速化 珍しくパブリックに向けて。知っている人なら当たり前のことですが、困ってる人が見てくれることを期待して。 いろんなサイトがあると思いますが、VBA for EXCELで最も遅いのはワークシートへのアクセスです。…

決定係数について

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仕事で寄与率を算定する必要があった際にググってたら、面白い記事にあたったので添付しておきます。 決定係数R2の誤解: 必ずしも相関の2乗という意味でなく,負にもなるし,非線形回帰には使えない - Yahoo!知恵袋 常識ですか?