趣味で計算流砂水理

Computational Sediment Hydraulics for Fun

いろいろ

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地理院地図とdeep learnning http://ccpn.gsi.go.jp/meeting_partners/data/20170608/4.pdf この前話そうと思っており、忘れてました。 deep learnningの部分を抜きにすると、公開データを一括処理でやっちゃうあたりは、我々がやりたいことと少し近いような…

勉強会での話

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並列化 大きなプログラムを書きたいため、並列化の勉強をしているですが、気になる内容がありましたので、列挙しておきます。 ハイブリッド並列化 最近の主流っぽいですね。MPI+openmpが基本で。MPIで分割したものに、openmpで並列化をかけるようです。情報…

GC

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メモリリーク fortranでも起こるんですね。知りませんでした。。。 fortranでは気にしたことないですね。 deallocateはちゃんと書いた方が良さそうです。 ガベージコレクション C++では必須でしたが、最近はGCを備えているようです(Cは必須)。 メモリの管…

σ座標系に手を出そうかと

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連投になってすいません。 VOFを書いたところで、自由表面流れにおけるデカルト座標系の限界を感じてしまいました。河川流には向いてないような気がします。周期境界条件も作りにくいし。 そこで、今まで敬遠していたσ座標系に手を出そうかと思ってます。 Wu…

ポインタとメモリリークについて

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先日のアップしたプログラムを書いた際に初めてメモリリークという壁にぶち当たりました。 fortranでメモリリークって無いだろと思ってましたが、結構あるみたいです。 例えば、 http://jjoo.sakura.ne.jp/tips/f90/memory_leak.html ただし、今回陥ったもの…

似非VOF:like interfoam

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以前Openfoamのinterfoamの話がでたので、気になって自分でコーディングしてみました。 延べ2週間以上かかりました。苦労しました。 いろんなことがわかったので書いておきます。 参考資料 このあたりです。 https://www.jstage.jst.go.jp/article/jscejoe/6…

windows環境

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いろいろありがとうございます。 私の環境は、VS 2017 communityです。問題なく動いてます。intel compilerも入れてますが、VS 2017上で動きます。全ての日本語化されてます。 特に工夫もせずにクリックだけで環境が構築出来たので、よくわからないです。 VS…

雑多な事

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Visual Studio 非常に安いWindowsのノートPCを購入したのですが、 後にSSD512GBへの換装とメモリ32GBにしたら、本体よりも高くなってしまいました…。 取り急ぎVisual Studio 2015 Expressを入れたのですが、 英語しかないようです。 2017 Community は途中で…

Re:基本的な計算機の作り方について

K

OSについて CentOSで問題はないと思いますが、Ubuntuでもできるようです。 MPIについては詳しくないので、御社でここらへんを知っている方が使っている環境に合わせれば、 いろいろ聞けると思いますので、それも手かなと。 なお、IntelCompilerについてはCen…

基本的な計算機の作り方について

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linux環境も揃えてるとは… コンパイラは何を使ってますか。gccですか。 基本的なことを教えていただきたいのですが、新規でPCを購入して計算機を作ろうと考えています。 環境はこんな感じをイメージしております。 言語:FortranとC++ CPU:Xeon phi 目的:…

OpenFoam

K

C++ この前、C++の話をしていたので、OpenFoamでも使ってみようかなと思います。 Tutorialでダムブレークがあったので回して見ました。 Linuxで使うのでインストールがちょっとめんどくさいですが、 それなりに使えるんですね。 自分たちが開発したものと、O…

渦度方程式

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水工学における計算機利用の講習会の山坂先生の「渦度方程式を用いたワンド内流れの二次元計算」でした。 急に思い出しました。

RE3:pygridgen-c

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pygridgen-cのwindows化 何とかコンパイルまでは行ったのですが、pythonから呼んだときにエラーが出ます。試しに32bit環境で動かすと何故か上手く行きます。 いろいろ調べているとctypesに32bitと64bitで差がありそうです。元のプログラムがpython側でしっか…

RE2:pygridgen-c

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windows環境でインストールを試みましたが、どうも駄目です。というか、私がmsysを使いこなせてないです。 msys環境下で順番にconfigure - make installを行っていますが、 nearest neighbors、CSAをインストール後、gridutilsのconfigure時にそれらにリンク…

Re:pygridgen-c

K

インストール 下記のページでインストールしを試みました。 https://github.com/hetland/pygridgen/blob/master/doc/INSTALL_OSX.md ドキュメント 教えてもらった「add_focus」で検索すると、下記のページがでてきました。 https://phobson.github.io/pygrid…

gridgen-c

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久しぶりにgridgen-cを使ってみました. 同じものですが,githubに上がってました. その中にpythonのフロントエンドとしてpygridgenというものが追加されておりました. さらにその中で中段くらいに記載されているadd_focusという機能が追加されています.…

CQ2DF model + vegetation

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面白いアイデアですね。 問題があるとしたら、渦動粘性係数の空間分布でしょうか。乱流モデルの影響がどこまで効くかですね。 時間をみてやってみます。 たまたまですが、先日ある方と清水先生の以下の論文を話していました。 https://www.jstage.jst.go.jp/…

おひさしぶりです。

最近読んでる本 https://www.coronasha.co.jp/np/isbn/9784339046519/ 乱流と数値解析の話がされているので、面白いのですが、 1次風上差分が酷評されています(笑) なかなか1次風上だとダメな場面に出くわすこともないので、 Cross section Quasi 2D Flow …

デカルト座標系での平面二次元計算

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昨日もお見せしてみましたが、とりあえずチャレンジしてみました。 計算条件 上流端境界に合わせて格子を設定しています。 下流端はあえて、横断方向と直交しないように設定しています。 一部堤防を切っています。これもあえてです。 初期条件は上手に設定で…

久しぶりになりますが。。。

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年度末だったり、河川シンポだったりで疲れました。 いろいろな計算をやってるのですが、まとまっていないので文章だけ書きます。 変分法 お見せしているとおり結構良い結果がでたので、今後の展開を考えようかなと思ってます。 今のところは、支川を含む長…

2D Upwind Flux Scheme:Dry-Bed Dam-Break

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※前々回の記事がまとまっていなかったので削除しました。 2D Upwind Flux Scheme:Dry-Bed Dam-Break ほぼ完成しました。一応ちょっとごまかしましたが、乱流項も入れました。 乱流項ありなしのgifを貼っておきます。 粗度・乱流なし 粗度・乱流あり ソースコ…

Cross section Quasi 2D Flow Model

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githubに公開しました。 https://github.com/computational-sediment-hyd/CQ2DF windows+proxy環境下でのSourceTreeによるgithubへのアップロード やり方がわかれば一瞬ですが、結構大変でした。 忘れないためにもメモ的に置いておきます。 proxyの設定 prox…

Cross-sectionQuasi2DFlow

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ギッハブ用のモデルとかを整理しました。DBにあるので見て頂けると助かります。windows環境があれば回してもらえるともっと助かります。 READMEとか結構頑張りました。 問題がなければ上げます。 英語にしたときに違和感があり、名前をCross-sectionQuasi2DF…

Section Quasi 2D Model:dll版が良いのか?

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ライセンスはMITで行こうと思います。 リリース版として悩んでいるのが、現状のdll版がそうじゃないものかです。 計算の流れは、格子生成(python)⇒流速場の計算(fortran dll)⇒図化(python)ですが、個別の実行ファイルを作成し、テキストファイル経由でやり取…

ライセンス

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ライセンスについて もし、(御社で)ソフトウェアとして組み込む予定があるのならMITがよろしいかと思います。 なければGPLで良いかと。 何を目的にするかということもありますが、あのプログラムは非常に勉強になると思います。 また、世の中の河川の計算…

EXCELのVBAが。。。

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ふと気付いたのですが、Excel 2016に変更してからExcel 2007で作っていたマクロの中でユーザーフォームを使ってグラフをコントロールするものがすべて動かないです。 多分描画速度の低下(データ更新時処理のアルゴリズムが変わった?)の影響かと思いますが…

ライセンスの話

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例のSection Quasi 2Dモデルについて、Githubで公開しようかなと考えているのですが、そろそろライセンスのことも気にしたほうが良いかもしれないと思ってます。 どうしましょうか。MITかGPLかと思いますが、GPLにするほど大したものじゃないですが悩ましい…

流砂の話とか

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fortranとpythonですが、calSectionProfileとinitializeを呼んでます。いろいろ試していると、fortranの共有部分でallocateしたものが、ずっと残ってしまうので、計算が終わるごとにdeallocateしたほうが良さそうです。また、まとめて報告します。 XeonとGPU…

FortranとかPythonとか流砂とか

Fortran + Python Fortranとの連携 ソースコードだけ見ました。力作ですね。 fortranのcalSectionProfileを呼び出してるということで良いんでしょうか? Pythonを使ってしまうと、行列の演算は他の言語だとキツくなってきますね。 fortranもライブラリを使え…

基礎水理シンポジウムとか

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昨日所用で北海道に行ってました。寒すぎて生きている心地がしなかったです。 基礎水理シンポジウム 先日行われた基礎水理シンポジウムで気になった内容をまとめておこうと思っていましたが、すっかり忘れておりました。 テーマは、浮遊砂・ウォッシュロード…

Section Quasi2D model in natural river

R

できました。 とりあえず、結果だけ。いい感じです。 ptyhon+fortranです。ちょっと力作なのでコードを見てほしいです。 DBに置いておきます。

python+fortran:2003+OOP

R

本業が忙しくて全然だめです。 python+fortran:2003+OOP 以前書いた話の続きですが、pythonからfortranのdllを使うときもやっぱりOOPで書きたいので、チャレンジしてみました。 結果から言うと、main文に共有moduleを設け、その中で共有のclassを設定するこ…

不等流計算と不定流計算

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結構忙しくて全然書けておりません。すいません。 不等流計算と不定流計算について メールでも送った話ですが結構面白かったので、書いておきます。 不等流計算と不定流計算の定常解の計算値に結構差がでるなと気付き、色々考えてみました。 計算結果がフィ…

ニ次元で一次元的なダムブレーク

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これはいけました.ドライベットです. 流速0かつ凸または凹の処理は,中央差分の限界かもしれないですね. 何とか一工夫して使えるようにしたいです. なお,gifはここにあげるために強烈に画質を落としてます.

水面勾配

集中格子の場合 H(i-1)=H(i+1)=0.0,H(i)=1.0の場合,dH/dx=0 これは、各水面勾配の重みが0.5となり、打ち消しあって0になるようですね。 物理現象からすると、iの地点においてi+1とi-1の地点にそれぞれ流れが発生するようになるはずですが、 集中格子が原因…

水面勾配項の離散化について

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前回の記事で,二次元水面に山のような地形が残る要因がわかりました. 凸地形のdH/dxの処理です.流速が0の場合,中央差分としておりますが,H(i-1)=H(i+1)=0.0,H(i)=1.0の場合,dH/dxは0となってしまいます.このような場合,どういう処理が一般的がご存知…

2次元ダムブレーク

R

2次元ダムブレーク 私も書いてみました. up-wind flux schemeです. jupyterです.計算時間は20秒で15分くらいです.gif作成のために200コマ書き出しているので,それが計算が遅くなる原因です. 1Dは,jupyterでgifを表示していましたが,上手くいかないの…

Jupyter Hydraulics

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ついにGithubを立ち上げました いまいち使い方をわかっておりません. 最近はJupyterばかりなので,「Jupyter Hydraulics」と題して,ソースをGistにあげようかと思ってます.アカウント情報はDBに置いておきます.やり過ぎていたら止めて下さい. とりあえ…

ドライベットダムブレームからの反射境界

R

完全に遊びです. ドライベットと言っても10^-4mの水深を与えてます. 飛びそうで飛ばない不思議な計算です.さすが,up wind flux schemeです. 予定では明日このブログ用のgithubを立ち上げます.

死の谷

死の谷 会った時にでも議論できれば。 基礎研究と応用研究があまりにかけ離れすぎてるように思います。 結果として、どっちもダメだと言われてる気がします。 デスバレー (研究開発) - Wikipedia 自己符号化器 最近、深層学習の本をチラチラ読んでますが、 …

基礎研究の話とか

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大隈先生がノーベル賞を受賞したニュースで,基礎研究が重要だという話がでており,あのような分野でも時代的に基礎研究って難しいことを初めて知りました. 基礎研究の重要性は,水工学の分野ですが,私達がいつも話している話ですよね.これを期に,もう少…

pythonで気付いたこと

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なんとか論文もまとまり,かなり脱力状態です. 査読が通れば,アジョイント法の話も書こうと思ってます. 今回の論文ではすべてグラフはmatplotlibで書きました. pythonを使ってる中で,気付いたことをまとめておきます. 会社のプロキシ抜け うちの会社の…

インテル® Distribution for Python

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という名前のようですね. インテル® Distribution for Python* の紹介 | iSUS ただ,私達が趣味で一般的に使う環境だと全然速くなっていないようです. 下図の一番左がscipyの速度比較ですが,シングルコアだとubuntuのpythonと同速度です. ゴリゴリのマト…

Python

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気になったので一文だけですが、IntelコンパイラがPythonに対応したんですね…。要望が多そうです。

お久しぶりです

いろいろ書けなくてすみません。 最適化数学 最適化数学の場合、以下の書籍を読んでました(過去形)。 入門者の本です。 http://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320017863 ただどちらかというと、線形計画のみピックアップした読み方をしてたので、…

アジョイント法

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アジョイント法 完璧にできました. とりあえず,論文用の計算は6割くらい終わった感じです. 論文用の絵を載せておきます. 気になる話 ある講演会での樫山先生の発表で以下のようなものがありました. バーチャルリアリティ技術を用いた騒音シミュレーショ…

無制約最適化問題

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ぜんぜん書けなくてすいません。完全に執筆モードです。 無制約最適化問題 ここのところ、夢中になっているアジョイント法ですが、ポイントの一つに降下法の解法があります。 基本は、共役勾配法(正確には、非線形共役勾配法)を使ってますが、ステップ幅の…

勉強会のテーマについて

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ちょっと本業がバタバタしており、あまり準備ができそうにないのですが、私からは以下のような準備をしています。 平面二次元の話 Upwind Flux Schemesの境界条件を教えて下さい。 Upwind Flux Schemesの離散化について parabolic bowlの話 久しぶりに断面準…

ちょっとだけ面白い話

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全然プログラミングができず、書き込むことがないです。頑張ります。 pythonのリスト内包表記、lambda式と組み合わせると強烈ですよね。慣れると結構可読性もいいが気がします。 つまらない話をいくつか書いておきます。 ちょっとだけ面白い話 ちょっとした…

Linuxとか

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書き込み遅くなりました。 Linux サーバーで動かすという場合であれば、CentOSが多いような気がします。 WebもCentOS(もしくはFree BSD)が多いようです。 チェック用であれば、VMwareでも良いかと思いますが、 実際に稼働するサーバーと同じ環境にしておい…